Olá,
creio que não tenho a resposta, tal como gostaria, mas vamos ver se consigo ajudar:
Penso que a questão se coloca por um lado, ao nível da actividade da empresa/titular do estabelecimento em causa, ou seja, se o registo da actividade da empresa também inclui ou permite a venda de pão.
Por outro lado, penso que a lei permite ter várias actividades no mesmo local, desde que separadas ou em zonas próprias para cada uma delas. Por outro lado, do ponto de vista do licenciamento comercial o café está enquadrado num estabelecimento de bebidas e a venda de pão num estabelecimento de comércio a retalho.
Não posso acrescentar muito mais, mas sugiro a consulta do site:
www.portaldolicenciamento.com, e o seu fórum, talvez possa ajudar.